Watchmaker Genomics se asocia con Exact Sciences para llevar la tecnología de análisis epigenético al mercado

NUEVA YORK – Watchmaker Genomics dijo el miércoles que ha firmado un acuerdo de licencia coexclusivo de varios años con Exact Sciences para desarrollar y comercializar una tecnología de análisis de metilación del ADN sin bisulfito llamada TAPS (secuenciación de piridina borano asistida por TET).

Como parte del acuerdo, Watchmaker compartirá derechos exclusivos de TAPS con Exact, que obtuvo la tecnología mediante la adquisición de Base Genomics en 2020. Watchmaker espera que esto le permita ampliar su oferta de productos de secuenciación de próxima generación para incluir análisis de metilación del ADN para tanto en investigación como en aplicaciones clínicas.

Desarrollado originalmente por investigadores del Instituto Ludwig para la Investigación del Cáncer de la Universidad de Oxford, TAPS promete detectar tanto la 5-metilcitosina como la 5-hidroximetilcitosina con una resolución de base única y, al mismo tiempo, evita las deficiencias de la secuenciación tradicional con bisulfito. La tecnología impulsó el establecimiento de Base Genomics, una startup con sede en Oxford que obtuvo 11,5 millones de dólares en financiación inicial antes de ser adquirida por Exact.

"Estábamos muy entusiasmados con esas primeras publicaciones y algunas de las publicaciones posteriores que aprovechaban la tecnología TAPS", dijo el cofundador y director ejecutivo de Watchmaker, Trey Foskett. "Nos quedó claro que se trataba de una tecnología que podíamos seguir ayudando a [Exact] a mejorar y comercializar".

Según Foskett, un componente del acuerdo de licencia coexclusivo con Exact es ayudar a desarrollar la química TAPS en productos comerciales. Watchmaker está aportando su experiencia en ingeniería de enzimas y fabricación de reactivos de secuenciación de próxima generación, señaló.

"Creo que Exact nos vio como un buen socio para la comercialización, la producción y el desarrollo de la química [TAPS] desde algo que podría funcionar en la mesa de laboratorio de alguien hasta algo que, con suerte, funcione en la mesa de laboratorio de todos en un futuro próximo", dijo Watchmaker CSO y cofundador Brian Kudlow.

Específicamente, la compañía planea aprovechar su plataforma de ingeniería de proteínas para mejorar la enzima TET utilizada en TAPS, así como las polimerasas de amplificación involucradas en el flujo de trabajo.

Además, Watchmaker pretende hacer de TAPS una tecnología "reproducible, fabricable, con capacidad de control de calidad y escalable" que sea adecuada para la producción comercial, afirmó. "Se requiere una enorme cantidad de trabajo para convertir algo que se realizó como un ejercicio académico en algo que pueda funcionar cada vez para un mercado más amplio".

Al agregar TAPS a su arsenal tecnológico, Watchmaker también espera expandir su oferta de productos NGS para permitir el análisis genómico y epigenómico multimodal, así como expandir su base de clientes tanto en el espacio clínico como en el de investigación, dijo Foskett.

Actualmente, la empresa de herramientas de ciencias biológicas con sede en Boulder, Colorado, ofrece una serie de kits de preparación de bibliotecas para secuenciación de ARN y ADN, que según Foskett podrían ser "muy complementarios" al flujo de trabajo TAPS. Además, la empresa tiene como objetivo "habilitar aplicaciones" para TAPS, añadió, como la oportunidad de combinar la detección de variantes somáticas con el análisis de metilación en el mismo proceso de preparación de la biblioteca.

Un objetivo inicial de la empresa es comercializar TAPS en un ensayo equipado que pueda comercializarse entre la comunidad de investigación en general, dijo. Más allá de eso, la compañía espera colaborar con socios en el espacio clínico para dirigir la tecnología hacia aplicaciones de diagnóstico, específicamente en oncología.

Foskett señaló que el actual acuerdo de colaboración con Exact ofrece a Watchmaker "efectivamente los derechos exclusivos de sublicencia". Tampoco excluye a Watchmaker de desarrollar productos para aplicaciones clínicas u oncológicas, incluso para la detección temprana del cáncer y pruebas de enfermedad residual mínima (ERM), si es "en las circunstancias adecuadas y con el socio adecuado", dijo.

Mientras Watchmaker apuesta por el mercado del análisis epigenético con TAPS, otras empresas también están desarrollando tecnologías para el análisis de metilación. Por ejemplo, a principios de este año, Biomodal, una empresa derivada de la Universidad de Cambridge anteriormente conocida como Cambridge Epigenetix, lanzó un kit de preparación de muestras para secuenciación que promete detectar simultáneamente bases de ADN canónico (A, C, G, T) y citosinas modificadas en un solo flujo de trabajo utilizando la llamada tecnología "secuencia de cinco letras".

Además, las tecnologías de secuenciación de una sola molécula, como las de Pacific Biosciences y Oxford Nanopore Technologies, también están promoviendo su capacidad para perfilar simultáneamente señales genéticas y epigenéticas.

En comparación con los métodos de detección de metilación basados ​​en conversión, Kudlow cree que la complejidad reducida que ofrece el flujo de trabajo TAPS puede dar como resultado una menor secuenciación y al mismo tiempo preservar una mayor complejidad de la biblioteca. Sin embargo, reconoció que "aún está por determinar" cómo se comparará TAPS con las tecnologías de la competencia.

Además, Foskett dijo que la compañía está "muy entusiasmada" con los enfoques de detección directa de metilación y cree que las plataformas de secuenciación de una sola molécula pueden ser potencialmente "complementarias" de TAPS.

Una limitación de los métodos de detección directa de metilación es que normalmente requieren una alta cobertura de secuenciación y una gran entrada de ADN, señaló, lo que dificulta trabajar con ADN libre de células o muestras fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE).

Suponiendo que ambas empresas cumplan con las obligaciones del acuerdo de coexclusividad, Foskett dijo que tendrán acceso a TAPS durante toda la vida útil de la propiedad intelectual.

Además, los dos socios han establecido un acuerdo de suministro estratégico a largo plazo, según el cual Watchmaker proporcionará a Exact acceso a su cartera de reactivos de secuenciación y enzimas de precisión. "Estos productos tienen el potencial de mejorar el rendimiento de las pruebas de Exact Sciences y al mismo tiempo reducir significativamente los costos asociados", dijo Watchmaker en un comunicado.

En un correo electrónico, Isaac Kinde, vicepresidente de evaluación de tecnología de Exact, dijo que la compañía "[espera] trabajar con Watchmaker y aprovechar sus capacidades en la producción de enzimas de alta calidad para complementar nuestros esfuerzos de investigación y desarrollo para traer nuevos cánceres más sensibles. tecnologías de detección a los pacientes."

Exact se negó a responder preguntas específicas sobre la asociación recién forjada, incluido cómo la compañía planea mejorar la tecnología TAPS por su parte, o cómo planea desarrollar TAPS en productos de prueba de cáncer.